Cell Ranger 是 10x Genomics 官方提供的单细胞数据分析管道套件，专用于处理 Chromium 平台产生的单细胞测序数据。它能够完成从原始测序数据到表达矩阵的完整处理流程，包括条形码识别与校正、UMI 计数、基因表达定量（支持 3'、5' 及 Flex assay），以及 V(D)J 免疫受体序列组装和 Feature Barcode 数据分析。该软件为闭源软件，无官方开源主仓库，但社区有封装版本可供参考。Cell Ranger 输出的表达矩阵可直接导入 Seurat、Monocle 等主流单细胞分析工具进行下游分析，是 10x 单细胞转录组数据处理的标准化起点。