Monocle 是单细胞 RNA-Seq 实验专用的分析工具包，基于 R 语言环境运行。该工具最核心的功能是拟时序分析（pseudotime analysis），能够根据单细胞转录组数据推断细胞发育轨迹和分化路径，重建细胞状态转换的动态过程。Monocle 3 版本在算法和可视化方面进行了全面升级，支持更大规模数据集的处理。除了拟时序分析外，Monocle 还提供了差异表达分析、细胞聚类、基因模块识别等功能。该工具通过 Bioconductor 渠道发布，在发育生物学和干细胞研究领域应用广泛。