Harmony 是一款专为单细胞数据批次效应校正设计的 R 语言工具包，能够快速、灵敏且准确地对大规模复杂单细胞数据集进行整合。其核心算法通过迭代聚类和线性校正，将不同批次、不同来源的单细胞数据映射到共享的低维嵌入空间，有效消除技术批次差异同时保留生物学变异。Harmony 可与 Seurat 和 SingleCellExperiment 等主流分析管道无缝集成，用户可通过 RunHarmony() 函数直接在 Seurat 工作流中调用。该工具支持同时校正多个协变量（如批次、供体等），在数万至百万级细胞的数据整合中表现出优异的计算效率。