StringTie 是一款快速高效的 RNA-Seq 比对结果转录本组装与定量工具。它采用新颖的网络流算法，能够将 RNA-Seq 读段组装为完整的转录本，并为每个基因位点识别多个可变剪接异构体及其表达量。StringTie 同时支持短读段和长读段（如 PacBio、Nanopore）的比对数据输入，v3.0 版本在长读段组装的灵敏度和精度方面有显著提升。其输出结果可直接导入 Ballgown、DESeq2、edgeR 等差异表达分析软件进行后续分析。