Samtools 是一个用于处理下一代测序数据的核心工具集，采用 C 语言编写，基于 HTSlib 库。它提供了多种功能，可用于处理 SAM、BAM 和 CRAM 格式的文件，包括格式转换、排序、索引构建、查询、统计分析、变异检测等。自12年前首次发布以来，Samtools 已成为几乎所有基因组数据分析流程中的标准组件，并被众多软件项目和基因组研究流程所依赖。Samtools 与 BCFtools 配合使用，共同构成了高通量测序数据处理的基础设施。该工具采用宽松的 MIT 许可证，通过 Bioconda 下载次数已超过一百万次。