Samtools 是一套用于操作下一代测序数据的核心工具集，采用 C 语言编写，基于 HTSlib 库。它提供了处理 SAM、BAM 和 CRAM 格式文件的丰富功能，包括格式转换、排序、索引构建、查询、统计、变异 calling 等。自 12 年前首次发布以来，Samtools 已成为几乎所有基因组数据分析管道的标准组件，被无数软件项目和基因组流程所依赖。Samtools 与 BCFtools 紧密配合，共同构成了高通量测序数据处理的基础设施。该工具采用宽松的 MIT 许可证，通过 Bioconda 的下载量已超过百万次。