PLINK是全基因组关联分析（GWAS）领域最核心的工具集之一。它提供了从数据管理（格式转换、样本/位点筛选）、质量控制（缺失率、MAF 过滤、HWE 检验）到关联分析（卡方检验、逻辑回归、线性回归）和群体遗传学分析（IBD 估计、亲缘关系矩阵计算）的完整功能链。PLINK 支持多种输入格式（BED/PED/VCF/Oxford 等），是 GWAS 数据预处理和基础分析的标准工具