PHYLIP是 Phylogeny Inference Package 的缩写，由华盛顿大学 Felsenstein 实验室开发，是最早和最全面的系统发育推断软件包之一。它包含了超过 30 个独立程序，覆盖了距离法、最大似然法、简约法等多种系统发育树构建方法，以及序列数据模拟、树比较等辅助功能。PHYLIP 支持多种数据类型的输入，是系统发育学领域的经典工具。