MEGA X是 Molecular Evolutionary Genetics Analysis 的跨平台桌面软件，提供图形化界面进行分子进化遗传学分析。其主要功能包括：多序列比对、进化距离计算、系统发育树构建（支持邻接法、最大似然法、最大简约法等多种方法）、分子钟检验、选择压力分析等。MEGA X 以其直观的图形界面和完善的功能，成为系统发育分析入门和研究者的常用工具。