MCScanX是用于检测和分析基因组内及基因组间共线性（synteny）和基因复制事件的工具。它基于基因的染色体位置信息，识别基因组中的共线性区块（collinear blocks），并据此推断物种间的染色体同源关系和基因组演化历史。MCScanX 能够区分不同类型的基因复制事件（如全基因组复制、串联复制、片段复制等），是植物基因组进化和比较基因组学研究的重要工具。