MAFFT是一款用于 Unix/Linux 系统的多序列比对程序。它提供了多种比对策略以适应不同规模和精度的需求：L-INS-i 适用于 ≤200 条序列的高精度比对，FFT-NS-2 适用于 ≤30,000 条序列的快速比对。MAFFT 可自动识别输入的氨基酸或核苷酸序列类型，并提供 --auto 参数让程序自动选择最优比对策略。MAFFT 是目前多序列比对领域精度和速度综合表现最优的工具之一。