IQ-TREE 是一款高效的系统发育树构建软件，以其快速、准确和功能丰富而著称。它采用最大似然法，通过创新的模型选择机制（ModelFinder）自动确定最优核苷酸或氨基酸替代模型，并利用超快自举法（UFBoot2）评估树节点的可靠性。IQ-TREE 支持大规模数据集（数千序列）的分析，计算效率显著优于传统最大似然法软件（如 RAxML），是现代系统发育分析的热门选择。