HMMER3是基于隐马尔可夫模型（HMM）的生物序列分析软件包。其核心工具包括：hmmsearch（用 HMM 模型搜索序列数据库）、hmmscan（用序列搜索 HMM 数据库）、hmmbuild（从多序列比对构建 HMM 模型）等。HMMER3 在蛋白质家族鉴定和结构域注释方面比 BLAST 更为灵敏，尤其适用于远源同源序列的检测。它是 Pfam 等蛋白质家族数据库构建和搜索的核心引擎。