HISAT2 是一款快速且高灵敏度的下一代测序读段比对工具，适用于全基因组、转录组和外显子组测序数据的比对分析。其核心技术是图 FM 索引（Graph FM index, GFM），能够将测序读段比对到包含常见遗传变异的人群参考基因组上，而非单一参考基因组。HISAT2 采用了层级图 FM 索引（HGFM）架构，通过大量局部小索引覆盖全基因组，有效提升了比对速度和准确性。该工具在包含 SNP 的读段比对中表现尤为出色，内存占用约 6.7 GB