EIGENSOFT是群体遗传学分析的综合软件包，其核心组件 smartpca 基于主成分分析（PCA）进行群体结构推断和祖先成分分析。该工具能够有效检测数据中的群体分层和离群样本，是 GWAS 中校正群体结构影响的前处理工具。EIGENSOFT 还包括用于检测人群混合和进行溯祖分析的 EIGENSTRAT 等方法。