edgeR 是 Bioconductor 项目中的另一个核心差异表达分析 R 包，由 WEHI 生物信息学团队开发维护。与 DESeq2 类似，edgeR 基于负二项分布模型对 RNA-Seq 计数数据进行差异表达分析，但其算法实现和统计框架有所不同。edgeR 提供了多种标准化方法（如 TMM 标准化）和灵活的统计模型（包括广义线性模型框架），适用于复杂实验设计（如多因素、时间序列等）。该工具计算效率高，尤其适合样本量较大的数据集，是转录组差异分析的另一款主流选择。