DESeq2 是 R/Bioconductor 生态中最广泛使用的基因差异表达分析工具包之一。它基于负二项分布模型对 RNA-Seq 计数数据进行建模，能够有效处理文库大小差异和生物学变异，通过经验贝叶斯方法收缩离散度估计，提高小样本量实验的统计功效。DESeq2 接受来自多种定量工具（如 featureCounts、tximport、Salmon 等）的计数矩阵作为输入，提供完整的差异表达基因筛选、结果可视化和数据导出功能。该工具在医学、农业和模式生物研究中被广泛采用，是转录组差异表达分析的行业标准工具之一。