Ballgown 是专为 RNA-Seq 数据设计的灵活差异表达分析 R 软件包，能够在转录本水平上识别差异表达的基因、外显子和转录本异构体。其标准工作流程为：TopHat2 或 HISAT2 比对 → StringTie 组装与定量（需加 -B 参数生成 Ballgown 可读格式）→ Ballgown R 包进行差异分析。Ballgown 不仅提供统计检验，还提供了丰富的可视化和数据探索函数，帮助研究者深入理解转录组的变化模式。该工具通过 Bioconductor 渠道发布，是转录本水平差异表达分析的重要选择。