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本课程系统讲解群体进化分析方法，涵盖系统发育树、PCA、群体结构、遗传多样性（Pi）、遗传距离（Fst）、选择性清除及连锁不平衡（LD）衰减分析，为群体遗传与驯化研究提供完整工具。
本课程介绍群体进化高级分析方法，涵盖种群历史动态（MSMC2/SMC++）、基因流与渗入（TreeMix/f3/RFMix/D统计）及纯合片段（ROH）分析，并明确简化数据与重测序数据的适用边界。
本课程涵盖全基因组关联分析（GWAS）原理、表型质量控制、基因型插补、群体结构与亲缘关系校正、线性混合模型、可视化（曼哈顿图/QQ图）以及候选基因发现中的连锁不平衡（LD）块分析。
