本课程全面覆盖有参转录组测序数据分析的核心环节。首先介绍RNA‑Seq技术原理，对比Sanger、NGS及三代测序的特点，并详解FASTQ格式及fastp质控流程（去接头、低质量过滤、polyG切除）。定量分析部分，讲解RPKM、FPKM与TPM的统计差异，并基于Hisat2比对、StringTie组装与定量，生成基因表达计数矩阵。差异表达分析方面，分别讲授Ballgown（基于FPKM）、DESeq2和edgeR（基于原始counts）三种主流方法，包含数据预处理、建模、假设检验及结果校正（padj）。可视化模块涵盖ggplot2绘制火山图（标注显著上下调基因）、VennDiagram绘制韦恩图（展示集合交集）、pheatmap绘制热图（样本与基因双向聚类）。高阶部分引入WGCNA，讲解如何构建加权共表达网络、识别基因模块、关联外部性状，并筛选模块内hub基因（基于MM与GS值），适用于大样本复杂表型研究。课程全程结合真实数据与命令行/R代码，为功能基因组学挖掘提供可靠分析框架。