围绕基因家族分析的完整流程，分为四大模块。第一模块聚焦成员鉴定，指导用户从NCBI、Phytozome等数据库获取序列，综合运用BLAST同源比对与HMM保守结构域搜索，并借助Pfam、CDD等数据库严格过滤，确保结果准确且非冗余。第二模块系统讲解基因家族特征分析，涵盖理化性质计算、亚细胞定位预测、染色体定位可视化、Motif与保守结构域识别、基因结构展示及启动子顺式元件解析，同时演示多维度信息的联合绘图方法。第三模块深入介绍进化分析方法，包括系统发育树基本术语、Bootstrap可靠性评估、距离法与最大似然法构树原理，以及MEGA、IQ‑TREE等软件应用，指导亚家族分类与功能推断。第四模块重点阐述共线性分析与选择压力计算，利用McScanX识别共线性区块，通过Ka/Ks比值评估复制基因所受选择压力，为理解基因家族扩张与功能分化提供分子进化依据。课程兼顾理论原理与实用工具，适用于比较基因组学与功能基因组学领域的科研人员学习参考。