本课程在基础分析之上，深入讲解群体进化研究中的高级分析模块。第一章介绍种群历史动态分析，利用重组打断基因组片段，通过最近共祖时间分布推断有效群体大小历史变化，并比较MSMC2（适用于≥20X深度，每群≤4样本）与SMC++（低深度）的应用场景，同时需提供突变速率与代时参数。第二章讲解基因流与遗传渗入检测，涵盖TreeMix（构建群体最大似然树并推断混合事件）、f3统计量（检测目标群体是否由两个祖源群体混合，负值显著）、RFMix（检测渗入片段，需遗传图谱）及D统计（ABBA-BABA，四群体间种间基因流，｜Z｜>3为显著）。第三章介绍连续性纯合片段（ROH）分析，通过检测基因组中连续纯合SNP区域来评估近交历史，长片段反映近期近交，短片段反映远亲近交，并与复杂疾病研究相关。最后，课程明确指出各类分析的适用性：定性比较（群体分层、基因流、LD衰减快慢、Fst、Pi相对高低）可用简化数据；定量计算（精确LD距离、Pi数值、种群动态、ROH、选择性清除）则须依赖高质量重测序数据。本课程为深入解读群体演化史与选择信号提供关键技术指导。