本课程全面讲授群体进化研究的核心内容与分析技术。第一章概述群体进化的概念及其在起源驯化、环境适应性和基因挖掘中的应用。第二章讲解实验设计要点，包括样本采集策略、亚群与样本量要求、测序深度选择（二倍体≥10X，同源多倍体≥30X）及重测序与简化基因组技术的适用场景。第三章至第五章分别介绍三类核心降维与聚类方法：系统发育树（NJ/ML，展示群体分层与进化关系）、主成分分析（PCA，剔除离群样本、直观展示遗传结构）及群体结构分析（STRUCTURE/ADMIXTURE，推断个体遗传混杂与最优分群数）。第六章至第九章深入群体遗传参数计算与选择信号检测：核苷酸多样性（Pi，衡量群体内变异水平）、固定指数（Fst，量化群体间分化程度）、选择性清除分析（检测正选择信号，结合Pi降低与Fst升高）及连锁不平衡衰减（LDdecay，比较不同群体重组率与驯化强度）。课程强调参数解读与生物学意义，为种群历史推断、驯化基因挖掘及适应性演化研究提供系统指导。