本课程全面覆盖从基因组调研到三维结构解析的全链条分析。第一部分介绍GenomeScope与Smudgeplot基于K‑mer估算基因组大小、杂合度与重复序列，并详解Jellyfish/KMC计算频率及参数调优策略。第二部分聚焦de novo组装，主讲Hifiasm（支持HiFi/超长ONT/Hi‑C数据，输出分型组装）、3D‑DNA（Hi‑C辅助纠错与染色体挂载）及JBAT交互调图（修复错配、易位、倒位），并针对多倍体基因组引入ALLHiC流程（修剪、分区、救援、优化、构建）。质量评估模块涵盖GAEP流程、BUSCO（基因空间完整性）、Merqury（K‑mer准确性QV）及LAI（LTR重复完整性）。第三部分为基因组注释，包括EDTA（全自动TE注释与库构建）和GeMoMa（基于同源与RNA‑seq的编码基因预测）。第四部分聚焦Hi‑C三维基因组分析，讲解HiC‑Pro质控（有效互作比例）、A/B区室鉴定（hicPCA）、TAD检测（hicFindTADs隔离得分）及染色质环识别（hicHyperoptDetectLoops）。课程强调参数调优与结果解读，为高质量基因组组装、注释及三维功能研究提供系统性指导。