本课程全面讲解单细胞RNA测序（scRNA‑seq）的理论基础与生物信息学分析方法。首先概述单细胞技术发展历程（2009年首篇至2020年空间转录组）、主流方法对比（13种技术）及植物单细胞研究现状与难点。其次，深入讲解10X Genomics Chromium平台的核心原理，包括凝胶微珠（GEM）生成、barcode/UMI标记、文库构建及CellRanger定量流程，并解读质控报告关键指标（细胞捕获率、基因检出数等）。基础分析部分以Seurat包为主线，涵盖数据过滤与标准化、高变基因筛选、PCA降维、UMAP/t‑SNE聚类、细胞类型注释（结合PlantscRNAdb等数据库及已知marker基因）以及差异表达分析。高级分析聚焦四大方向：多数据集整合与批次校正（merge、SCT、Harmony、CCA、RPCA方法的适用场景与比较）；细胞通讯分析（PlantPhoneDB数据库与配体‑受体对）；拟时序分析（Monocle2的轨迹推断、基因集选择策略）；拷贝数变异（inferCNV推断肿瘤细胞异质性）。课程强调植物单细胞分析的特殊性与可用资源，为学员提供从实验设计到数据挖掘的完整知识框架，助力发育生物学、病理机制及作物改良研究。