本课程全面讲授空间转录组学的核心技术与数据分析方法。第一部分对比空间转录组与单细胞转录组的异同，概述主流技术（10X Visium、Slide‑seq、Stereo‑seq等）的分辨率、覆盖度及适用组织类型，并展示植物（兰花、大豆）和动物（银屑病、肾癌）领域的典型研究案例。第二部分聚焦10X Visium平台实验原理（带空间条形码的捕获spot、UMI标记、文库结构）及Space Ranger定量流程，详细解读输出文件（web_summary质控报告、表达矩阵、组织图像）。基础分析以Seurat包为主线，涵盖数据读取、SCT标准化、特征基因空间可视化、无监督聚类及空间高变基因识别（FindSpatiallyVariable函数）。第三部分讲解空间数据注释策略，重点介绍基于锚点整合（anchor‑based integration）的单细胞‑空间转录组联合分析，利用参考单细胞图谱对每个spot进行细胞类型反卷积。第四部分讨论多样本合并分析（merge）及批次效应的处理原则。课程强调空间位置信息对理解组织微环境、细胞互作和发育轨迹的重要性，为肿瘤微环境、发育生物学及植物器官发生研究提供完整分析框架。