本课程围绕比较基因组学的主要研究内容展开，共分六大模块。第一模块介绍基因组基本特征的整合展示，包括基因密度、转座子分布、SNP/Inbel密度、DNA甲基化及组蛋白修饰等，并结合共线性信息呈现基因组结构变异。第二模块聚焦基因家族聚类分析，讲解同源基因（直系与旁系）概念，并演示OrthoFinder软件的操作流程、结果解读及维恩图绘制。第三模块系统阐述进化树构建方法，涵盖有根/无根树、Bootstrap评估、基因树与物种树的区别，并重点介绍基于单拷贝基因的物种树构建流程，包括多序列比对、密码子比对转换、比对优化、模型选择及IQ‑TREE建树，最后涉及分歧时间估计。第四模块为基因家族扩张与收缩分析，利用CAFE软件结合带有分化时间的进化树，估计祖先基因家族大小，识别显著扩张或收缩的家族。第五模块为正选择分析，介绍Ka/Ks比值原理及PAML软件中的枝点模型，用于检测正选择基因及关键氨基酸位点。第六模块涵盖共线性分析与全基因组复制事件鉴定，分别阐述基因水平与基因组水平的共线性方法（MCScanX和MUMMER），以及通过共线性点图、Ks分布和4DTv分布识别古多倍化事件。课程结合多篇高水平研究案例，理论联系实际，适用于从事比较基因组学和进化生物学研究的科研人员。