功能模块:

  1. 原始数据质控(fastp + 自定义过滤器)
  2. 变异检测(GATK + DeepVariant 集成)
  3. 群体结构分析(PCA + ADMIXTURE + fineSTRUCTURE)
  4. 选择信号扫描(CMS, PBS, iHS, XP-EHH)
  5. 局部适应推断(BayPass, redundancy analysis)
  6. 适应性基因功能注释(基于 GO/KEGG + 自定义数据库)

特点:针对云南物种的参考基因组做了优化,提供现成的 config 文件

GitHub:https://github.com/biolab/popgen-yn (开源, MIT 协议)