整合 ONT 长读长测序、Hi-C 染色质互作挂载与 Illumina 二代测序完成基因组组装校正,开展基因功能注释、比较基因组学、群体遗传分析与花组织时序转录组解析。
主要发现:
1.组装得到基因组总长 289.62 Mb,注释 31134 个蛋白编码基因,基因组完整度 BUSCO 验证达 97.1%,重复序列占基因组 46.23%;
2.厘清华中樱桃在樱属内的系统发育位置,明确该物种独立分化进程中的染色体重排特征与古多倍化印记;
3.锁定 MADS-box 等核心花发育基因家族,解析其早春开花习性的分子调控通路;
探明天然种群遗传分化规律,为华中樱桃种质资源保护、观赏樱花优良品种定向选育提供基因组支撑。
相关文献 Chromosome-level genome assembly provides insights into the genetic diversity, evolution, and flower development of Prunus conradinae 发表于《Molecular Horticulture》(IF:7.2)。
研究进展
华中樱桃染色体水平基因组组装解析其遗传多样性、物种演化与花发育调控机制
👤 Songtao Jiu,Muhammad Aamir Manzoor,Yan Xu(董扬 #)
📅 2024 年 05 月 20 日
📍 Molecular Horticulture
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摘要:首次构建华中樱桃(Prunus conradinae)高质量染色体水平参考基因组,结合群体重测序解析天然种群遗传多样性格局,追溯樱属物种分化演化历程,挖掘调控早花特性、花器官建成的关键功能基因。